Изъятие земель природно-заповедного фонда запрещается, за исключением случаев, предусмотренных федеральными законами.
В соответствии с пунктом 6 статьи 2 Закона № 33-ФЗ органы государственной власти субъектов Российской Федерации согласовывают решения о создании ООПТ регионального значения, об изменении режима их особой охраны с Минприроды России. Согласно позиции Минприроды России, изменение границ ООПТ также является изменением режима охраны ООПТ.
Законом № 33-ФЗ, Порядком ведения государственного кадастра ООПТ, утвержденным приказом Минприроды России от 19.03.2012 № 69, а также Федеральным законом от 13.07.2015 № 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости», вопросы ликвидации ООПТ не урегулированы, исключение из ЕГРН сведений об ООПТ в случае принятия органами государственной власти субъектов Российской Федерации решений о ликвидации ООПТ не предусмотрено.
В настоящее время исключение каких-либо сведений об особо охраняемых природных территориях из Единого государственного реестра недвижимости возможно только на основании вступившего в силу решения суда, содержащего соответствующие указания органу регистрации прав.